英文数据期刊《Data Express in Life Digitalization》（DeLD，《生命数字化数据快报（英文）》）首期已正式上线。2026年第1卷第1期刊载一篇评论、一篇综述和四篇数据报告，涵盖生命数字化、细胞谱系、单核转录组、转录与染色质调控、冷冻电子断层成像及蛋白质N-磷酸化等方向。读者可通过期刊官网及文章 DOI 阅读全文，并通过数据报告中的链接获取相应数据资源或了解访问条件。

从蛋白质修饰到细胞超微结构，从组织微环境到发育谱系，生命科学研究正不断积累丰富的数据。如何让这些数据在完成一次研究之后，仍能被理解、引用和再次分析？这是DeLD关注的核心问题。期刊致力于为数据作“说明书”，清晰呈现数据的来源、生成过程、质量和使用方式，帮助研究者发现并使用有价值的数据资源。

《生命数字化数据快报（英文）》（DeLD）2026年第1卷第1期封面

首期六篇文章聚焦生命科学数据资源与再利用

首期四篇数据报告既呈现数据本身，也说明样本背景、分析流程、质量控制与复用路径。两篇评论与综述则从生命数字化和细胞谱系研究出发，讨论数据如何支撑可检验的科学认识。以下介绍本期六篇文章的主要内容与亮点。

评论  生命数字化需要怎样的数据基础

From What Is Life to Life Digitalization: Building a Reusable Data Foundation

文章链接：https://doi.org/10.3724/DeLD-20260017

如何从对生命的测量走向对生命过程的可计算描述？这篇开篇评论以薛定谔《生命是什么？》为起点，讨论测序、时空组学、成像与人工智能的发展，以及构建数字细胞、组织、器官乃至个体所需要的数据基础。

文章强调，跨尺度连接数据时，需要保留数据来源、物理与空间关系、生物学背景及不确定性，并明确区分测量结果、由数据构建的表征和经过验证的预测。模型能否在独立样本、不同尺度或干预条件下产生可检验的预测，是评价其能力的重要依据。对于面向人工智能的数据资源，“AI-ready”应是与具体任务和验证证据相对应的描述。

围绕这些问题，文章阐述了 DeLD 的办刊思路：与人类细胞谱系研究相关重大科研设施建设相衔接，重视数据的规范描述、质量评价与合理共享，帮助研究者理解、引用和再次使用数据，为生命数字化研究积累可复用的数据资源。

综述  从证据层次理解猪细胞谱系研究

Porcine Cell Lineage Analysis in the Data-Driven Era: Technologies, Developmental Insights, and Progress Toward a Digital Lineage Atlas

文章链接：https://doi.org/10.3724/DeLD-20260019

猪是发育生物学和生物医学研究的重要大动物模型。这篇综述梳理了猪从植入前发育、胚体延伸、原肠胚形成到胚外发育及早期器官发生的关键细胞命运事件，并比较遗传示踪、分子记录、单细胞转录组、空间组学和成像等技术的优势与局限。

文章的一项重要特色，是区分直接谱系证据、计算推断的发育轨迹，以及支持研究开展的基因组工程技术。转录状态的相似性与推断出的发育路径，并不自动等同于细胞祖先与后代关系的直接证明。这一证据框架有助于读者判断不同研究结果能够支持何种结论。

综述还整理了代表性的单细胞、空间和多模态研究，并讨论 pROSA26 位点、Cre 响应报告系统及可编程和可诱导 Cas9 平台等遗传工具。文章进一步提出，通过标准化元数据、明确证据层级、空间与多模态整合、跨物种比较及基准数据集建设，推进数字化猪细胞谱系图谱的发展。

数据报告  甲状腺周围脂肪组织的单核转录组资源

A Single-Nucleus RNA-Sequencing Dataset of Human Perithyroidal Adipose Tissue from Papillary Thyroid Carcinoma and Multinodular Goiter Patients

文章链接：https://doi.org/10.3724/DeLD-20260012

随着甲状腺癌发病率持续上升，其发生发展背后的微环境变化受到越来越多关注。除了肿瘤细胞本身，紧邻甲状腺的脂肪组织是否也参与疾病相关的微环境重塑？甲状腺周围脂肪组织具有怎样的细胞组成？不同疾病背景下，其细胞状态与组织微环境是否存在值得进一步研究的差异？这篇数据报告聚焦公共脂肪组织数据资源中相对缺乏覆盖的组织部位，提供来自3例甲状腺乳头状癌患者和3例多结节性甲状腺肿患者的单核转录组数据。六名供者均为女性，经质量控制后共保留53,214个高质量细胞核。

约244.35 GB的数据包包含原始测序文件、各样本的基因表达矩阵和 MD5 文件完整性校验信息。文章提供样本元数据、测序质量指标、细胞类型注释及使用说明，并展示脂肪细胞、脂肪干细胞及祖细胞、免疫细胞和血管相关细胞等主要群体，便于使用者评估数据组成及注释依据。

这些数据可用于脂肪组织异质性分析、甲状腺癌相关微环境探索、跨数据集整合及分析流程评估，为研究者进一步比较不同疾病背景下的细胞组成与状态提供数据基础。

数据 DOI：https://doi.org/10.57760/sciencedb.42496

ScienceDB 数据页面：https://www.scidb.cn/en/detail?dataSetId=22de376070ce44389589383a262ec7a7

数据访问说明：终稿注明处理后数据在稿件接收后开放；原始数据的访问需获得相关机构许可，有意使用者应直接联系作者。具体获取方式以数据页面及作者说明为准。

数据报告  连接SP6扰动与滋养层细胞多组学变化

RNA Sequencing and Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Datasets of the Transcription Factor SP6 in Human Trophoblast Cells

文章链接：https://doi.org/10.3724/DeLD-20260013

滋养层细胞分化对胎盘建立和胎儿发育至关重要。这篇数据报告覆盖人扩展潜能干细胞、滋养层干细胞及其衍生的细胞滋养层样细胞，汇集22个 RNA-seq 数据集和20个 ChIP-seq 数据集，原始与处理后文件合计约122.2 GB。

资源包含对照、SP6 敲除与诱导过表达等不同条件下的转录组数据，以及 SP6、共激活因子 P300 和 H3K27ac、H3K4me3、H3K27me3 三种组蛋白修饰的染色质信息。将遗传扰动、基因表达与染色质占据相结合，有助于研究者从多个层面考察 SP6 相关的候选调控关系。

文章还说明了生物学重复、IgG 对照及部分实验所用的果蝇外源参照归一化设计，并提供质量评价与分析流程。公开的原始数据、信号轨迹和峰文件可支持独立重分析、其他干细胞模型的比较，以及与胎盘发育或相关疾病数据的整合研究。

数据 DOI：https://doi.org/10.57760/sciencedb.46311

ScienceDB 数据页面：https://www.scidb.cn/en/detail?dataSetId=06ddba1aba42497381da33ef7244944b

数据报告  覆盖小鼠精子主要区域的原位三维结构资源

A Large-Scale in situ Cryo-Electron Tomography Dataset of Mouse Sperm

文章链接：https://doi.org/10.3724/DeLD-20260014

精子的运动与受精功能依赖头部、连接部及鞭毛等区域的结构分工与协调配合。解析这些区域在接近天然状态下的三维组织方式，是理解精子功能及相关结构异常的重要基础。小鼠精子超微结构资源库（Mouse Sperm Ultrastructure Resource，MSUR）汇集了野生型 C57BL/6J 小鼠精子的1,413套冷冻电子断层成像倾转序列，覆盖头部、连接部、中段、环区、主段和末段六个主要区域。资源体量约3.15 TB，包含7,083个文件，为精子不同区域的原位结构研究与比较分析提供了大规模数据基础。

MSUR 的特色不仅在于规模和区域覆盖，还在于提供了从原始倾转序列到三维重构结果的配套数据，包括采集元数据、对齐参数和质量控制记录。文章系统介绍样品制备、冷冻聚焦离子束减薄、数据采集及重构流程，并整理采集条件与关键处理参数，便于研究者筛选所需数据、追溯处理过程，并根据自身研究目的开展重新处理与分析。

围绕MSUR及相关精子轴丝原位数据，研究组与合作者已取得一系列成果：揭示小鼠精子双联微管的稳定机制（Cell Discovery，2023），解析中央微管结构及CFAP47缺陷与弱精症的关系（Cell Research，2025），并发现连接辐射辐条的TRiC伴侣蛋白通过促进局部合成蛋白的折叠维持精子鞭毛运动（Molecular Cell，2026）。其中，基于所选数据开展的双联微管研究，通过亚断层平均将 A 管16 nm重复单元解析至4.5 Å分辨率，为该资源用于高分辨率原位结构分析提供了实际验证。

除亚断层平均和视觉蛋白质组学外，MSUR 还可用于精子超微结构观察、自动颗粒识别与图像分割等方法的开发和评价。其中的野生型数据可为后续突变或疾病相关样本的结构比较提供参照，也为机器学习辅助的冷冻电镜分析提供可进一步整理和利用的数据资源。

数据 DOI：https://doi.org/10.57760/sciencedb.00zls

ScienceDB 数据页面：https://www.scidb.cn/en/detail?dataSetId=adb97c2ef5434c4996b8a2eb252fc67b

Tai L H, Yin G L, Huang X J, Sun F, Zhu Y. 2023. In-cell structural insight into the stability of sperm microtubule doublet. Cell Discovery, 9: 116

Zhu Y, Lin T T, Yin G L, Tai L H, Chen L W, Ma J, Huang G N, Lu Y, Zhang Z Y, Wang B B, Chen S R, Sun F. 2025. In situ structure of the mouse sperm central apparatus reveals mechanistic insights into asthenozoospermia. Cell Research, 35(8): 551−567

Meng X M, Li L, Lin C, Zhu Y, Feng Y Y, Zhao Q, Zhao N, Zhou X H, Tong Y J, Wang S S, Yin G L, Liu R M, Zhang L H, Sun F, Yan X M, Zhu X L, Cong Y. 2026. Chaperonin TRiC bridges radial spokes for folding locally translated proteins to sustain mammalian sperm flagellar motility[J]. Molecular Cell, 86(7): 1327−1344

数据报告  拓展神经元N磷酸化的可研究范围

N-phosphoproteomics Dataset of Human Hippocampal Neurons

文章链接：https://doi.org/10.3724/DeLD-20260015

除常见的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化外，组氨酸、赖氨酸和精氨酸上的 N-磷酸化也是蛋白质修饰的重要组成部分，但其稳定性与检测难度限制了系统性研究。这篇数据报告以人海马神经元细胞模型为对象，比较未表达与表达 Tau-P301L 的条件，采用中性条件下的亲和富集与高分辨率液相色谱—串联质谱获取数据。

资源共收录映射至3,372个蛋白质的6,064个 N-磷酸化位点，包括1,286个组氨酸、2,462个赖氨酸和2,316个精氨酸磷酸化位点。其中2,383个位点满足定位概率不低于0.75等文中规定的高置信度筛选标准，为后续研究提供了可按置信度选择的候选位点。

约186.28 GB的数据同时包含定性鉴定、定量分析的原始文件与结果文件；定量实验在对照和 Tau-P301L 组中分别设置三个独立生物学重复。该资源可用于 N-磷酸化特征分析、富集与鉴定方法优化，以及 Tau 相关细胞模型的探索性研究。

数据 DOI：https://doi.org/10.57760/sciencedb.deld.00007

ScienceDB 数据页面：https://www.scidb.cn/en/detail?dataSetId=2e293fa62dbf485d8e9058b32c6a6be2

让数据的价值在再次使用中延续

首期六篇文章从不同角度呈现了 DeLD 对数据出版的理解：既让数据能够被找到和引用，也让使用者知道数据如何产生、经过怎样的处理、适合回答哪些问题，以及有哪些使用边界。数据报告中的样本说明、质量记录、文件组织与访问条件，是支持后续复用的重要内容。

DeLD 欢迎生命科学领域的数据报告、基于已有数据开展的研究、方法与模型，以及相关综述和评论投稿。期待与研究者共同促进高价值数据的规范发表与合理复用，让每一次测量与积累能够支持更多后续探索。

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